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過去十年來,智能手機上的科學應用程序(app)已從針對細菌、植物和動物的總體概述轉變為針對特定的研究領域和實驗技術,包括那些輔助免疫組織化學分析(immunohistochemistry, IHC)的應用程序。
如今有大量與IHC相關的應用程序可供科學家使用,因此找出哪一個應用程序您的需求可能是非常耗時的。為了幫助解決這個問題,Alexander E. Kalyuzhny基于自身的長時間測試對于IHC實驗室工作的手機應用程序進行簡要概述。Kalyuzhny嘗試著分析了設計出來作為IHC開發工具(IHC productivity tool)的應用程序,以及那些能夠幫助研究人員選擇用于IHC和組織染色的初級抗體的應用程序。
圖片來自Unol/iStock。
基于三十多年的IHC經驗,Kalyuzhny認為IHC應用程序應該充當解決問題的工具,而不僅僅是從上復制下來的實驗方案和抗體目錄的集合。通常,實驗方案和抗體提前很久就被選擇好,在實驗過程中不會加以改變。然而,通常由于需要染色的樣本數量在zui后時刻會發生變化,以及突然注意到存在實驗缺陷,這就需要更改對抗體稀釋液及其工作體積的計算,這對IHC染色的成功至關重要。因此,正如下面評述的那樣,諸如IHC Navigator之類的應用程序似乎是在實驗環境中zui為實用的,而且Kalyuzhny希望在不久的將來看到更多的這方面的應用程序。
一、IHC開發應用程序
(1)SoS IHC (適用于iOS 操作系統和安卓操作系統)
這個應用程序專為利用IHC進行診斷的病理學家設計。它列出了大量的腫瘤類型,以及每種腫瘤類型特征性的陽性和陰性生物標志物。它能夠作為腫瘤抗原的快速參考指南供病理學家使用,但不提供IHC實驗方案。該應用程序包括當面對不明確的結果時使用哪種初級抗體的建議,但不提供有關IHC檢測試劑或抗體稀釋計算的信息。
(2)HER2 Reader(僅適用于iOS操作系統)
這個應用程序通過解析雌激素受體(ER)、孕激素受體(PgR)和表皮生長因子受體2(HER-2)的IHC染色數據,專注于腫瘤診斷。通過輸入ER陽性(ER+)、PgR陽性(PgR+)和HER-2陽性(HER-2+)細胞的數量以及IHC信號的強度和膜染色的輪廓,這個應用程序就確定可能的腫瘤類型。除了用于IHC之外,它還基于每個細胞的HER-2拷貝數量解析HER-2原位雜交(ISH)數據,并通過計算HER-2/CEP- 17(centromere enumerator probe 17)的比例,分析HER-2擴增。它并不提供IHC實驗方案或抗體稀釋計算工具。
(3)IHC Navigator(僅適用于iOS操作系統)
這是一種用于診斷和基礎科學研究的抗體稀釋度的IHC計算器(IHC calculator)應用程序。用戶輸入抗體原液濃度,需要染色的載玻片數量以及每張載玻片上抗體工作溶液的大致體積,這種應用程序就可準確地計算應將多少抗體原液和抗體稀釋液混合在一起來制備用于單色或多色IHC的抗體工作液。它有一個非常有用的功能,該功能允許用戶根據組織切片區域確定抗體工作溶液的體積。這個應用程序允許用戶保存計算結果。此外,這個應用程序還允許用戶利用在多孔板和腔室載玻片(chamber slide)中培養的細胞來計算用于免疫細胞化學分析(immunocytochemistry, ICC)的抗體工作溶液。它不包括IHC實驗方案。
二、試劑應用程序(Reagent apps)
(1)Thermo Scientific Pierce Antibodies(適用于iOS 操作系統和安卓操作系統)
賽默飛世爾科技公司(Thermo Scientific)是一家的研究和診斷用生物試劑制造商。這個應用程序是該公司的縮短版本,允許用戶為不同的應用(包括IHC和ICC)選擇抗體。這個應用程序包括三個主要部分,包括檢測細胞器的抗體,用于神經科學研究的抗體,以及用于免疫印跡的蛋白上樣內參(protein loading control),其中蛋白上樣內參與開展IHC和ICC的研究人員無關。研究人員能夠使用前兩個部分作為抗體參考和價格購買指南??雌饋?,它的主要重點是神經科學研究,這使得這個應用程序在IHC應用方面具有有限的價值。如果賽默飛世爾科技公司增加其他方面(如免疫學和干細胞)的應用將會是非常有幫助的。
(2)Abcam(僅適用于iOS操作系統)
這個應用程序由的且信譽良好的抗體供應商Abcam公司提供。Abcam公司將針對包括IHC在內的不同抗體應用的實驗方案放入到這個應用程序中。這種IHC實驗方案清單是非常廣泛的,涵蓋了實驗方案的許多方面,如組織固定和處理、抗原修復、顯色和熒光檢測以及緩沖液配方。Abcam公司在編寫這些實驗方案方面做得很不錯,這些實驗方案比較詳細且易于遵循??磥磉@個應用程序是Abcam的精簡版本,而且很可能適用于需要隨時接受IHC指導的研究人員。該應用程序包括一個所謂的“質量稀釋計算器(mass dilution calculator)”,明顯是在抗體稀釋方面提供幫助。然而,它是相當原始的,而且并不計算整個IHC實驗所需的抗體工作溶液的總體積,也不會估計不同大小的組織切片所需的抗體工作溶液體積。
(3)FlashKarte Histology Stains(僅適用于iOS操作系統)
這個應用程序是單獨地使用常見組織染色或者將它與IHC聯合使用的研究人員的自測程序。它被設計為一組隨機閃存卡(random flash cards),描述了染色劑的化學成分及其組織染色模式。該應用程序簡單易用,它可能被醫學生和組織學技術人員用作常見的組織染色的參考指南。在選擇用于IHC的抗體或計算它們的體積和稀釋度方面,它沒有提供任何實驗方案或實用建議。